CellRanger into cloupe file and/or csv file

Gostava de converter scRNAseq data de 13 amostras (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE134576) abertos no CellRanger para um ficlheiro .cloupe e/ou um ficheiro csv. Alguém me pode ajudar? Obrigada!
Elsa

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Olá Elsa, antes de mais bem-vinda ao Forum do BioData.pt.

Sugiro-lhe que a consulte o seguinte tutorial. O processamento de amostras com o CellRanger necessita de grande capacidade computacional deste modo, e seguindo o tutorial, pode-o fazer através do seguinte site e pesquisando por " RNA STARSolo mapping, demultiplexing and gene quantification for single cell RNA-seq" na barra de pesquisa à esquerda.

Caso queira analisar os dados após processados, damos-lhe a conhecer uma ferramenta criada pelo BioData.pt direcionada para a análise de dados single-cell RNA-seq, o D-cellerate. Este pode ser acedido romotamente a partir do seguinte link. Pode consultar o manual de utilizador ou até mesmo descarregar e correr a aplicação no seu computador neste link.

Se necessitar de auxílio dos nossos serviços de bioinformática, o BioData.pt terá todo o gosto em ajuda-la.

Cumprimentos,
João Raimundo

Obrigada João. Vou consultar o D-cellerate.
Cps
Elsa


Parece-me que D-cellerate não abre data já processada, no formato mxt file. Também não consegui encontrar como converter essas files mxt em tabular ou cloupe. Os dados já processados/limpos estão nessa forma “Processed data provided as supplementary file”, no final da página https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE134576

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Bom dia Elsa,

Tem razão o D-cellerate apenas processa dados nos seguintes formatos: tabular (ex.csv), drop-seq tools e CellRanger HDF5.
Para a conversão dos ficheiros processados para formato tabular o CellRanger tem uma função já incluída (mat2csv) para converter ficheiros .mtx para .csv.
Sugiro-lhe que consulte o seguinte link, o exemplo encontra-se no final.

Fico a aguardar novidades.

Cumprimentos,
João Raimundo

Bom dia João,
Já conhecia essa solução, mas eu não posso usá-la pois não tenho o CellRanger (é muito “pesado”); é por isso que não consigo passar de mxt para cvs ou cloupe files. Também os técnicos da 10x Genomics dissera-me que no R conseguia fazer isso, mas eu também não sei trabalhar com o R. Ando à procura de alguma solução que eu consiga fazer, usando os dados já processados. Este foi a resposta do support da 10x Genomics “Unfortunately, these matrix files are not very ‘user-friendly’, you need to either load them into third-party R tools (for example Seurat), or convert to the CSV with the Linux command line function I mentioned (cellranger mat2csv). I wish I had an easier solution for you”.
Cumprimentos,
Elsa

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Boa tarde Elsa,

Parece-me que as suas dúvidas requerem uma análise mais aprofundada. Sugiro-lhe que contacte o user support do biodata.pt a partir do seguinte email: info@biodata.pt.

Cumprimentos,
João Raimundo

Boa tarde João,
Agradeço a sua rápida resposta e sugestão.
Cumprimentos,
Elsa

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